Hallo Joey,
erstmal

von mir!
Ja, es ist SEHR wichtig, dass du die beiden ohne Sicht- und Riechkontakt trennst. Auch wenn es friedlich scheint, Kaninchen sind revierbezogene Tiere, und beide beobachten nun, dass das jeweils andere Tier durch "ihr" Revier hoppelt. Das schürt Aggressionen, die sich dann später bei der VG entladen, so dass es zu bösen Kämpfen kommen kann. Du musst dir das vorstellen, als würdest du von aussen sehen, dass jemand ohne deine Erlaubnis durch deine Wohnung spaziert. Wenn du demjenigen dann gegenüberstehst, bist du auch nicht besonders freundlich
Wenn du sie nach der Quarantäne wieder miteinander vergesellschaftest, ist es wichtig, dass du das in einem neutralen Gehege machst, nicht in dem Stall, den du ihnen gebaut hast.
Zum Teppich: sind deine Beiden denn stubenrein? Wenn nicht, bist du mit kleineren Teppichen aus Baumwolle, die man waschen kann, besser beraten

Sehr gut eignen sich hier die Signe-Teppiche von Ikea. Wenn du wirklich einen Teppich verlegen möchtest, achte daraus, dass er nicht aus künstlichen Materialien ist, und keine Schlaufen o.ä. als Angreiffläche bietet.
Wie groß ist denn der Stall?