Ich gehe mal der Reihe nach durch
Bei jedem Ortswechsel kann es vorkommen, dass Kaninchen Revierkämpfe ausfechten- die neuen Örtlichkeiten müssen einem Besitzer zugesprochen werden

Aus diesem Grund sollte man solche Ortswechsel nicht zu oft machen, da dies Stress für die Tiere bedeutet.
Um die VG zu erleichtern, würde ich dir dringend für eine Verkleinerung der Fläche raten- es ist ja nur, bis die Drei alles geklärt haben- danach kannst du langsam wieder auf die eigentliche Fläche zurückvergrößern. Schau doch mal nach Welpengittern, diese sind schnell aufgebaut, und sie sind höher als handelsübliche Kaninchengitter (diese sind mit meist nur 60 cm für die meisten Kaninchen zu niedrig

)
Denn bei zuviel Fläche ist es so, wie du schon beobachtet hast: Das eine Tier jagt das andere, möchte mit ihm etwas klären, aber dieses versteckt sich einfach. Dadurch können die Tiere ihre Rangordnung nie klären.
Das Verhalten von Choco ist normal, die meisten Kaninchen sind etwas scheuer

Natürlich kann auch seine Vorgeschichte eine Rolle spielen, aber von deiner Beschreibung klingt er nicht übernatürlich scheu

Lang ausstrecken und Mahlen mit dem Kiefer sind die besten Zeichen dafür, dass es einem Kaninchen gut geht
Zu deiner Frage nach homöopathischen Mitteln: es gibt Möglichkeiten, ja, aber ich kenne mich da nicht aus (Bachblüten), zudem fände ich es in eurem Fall destruktiv, denn sie reagieren völlig normal, sie müssen ihre Rangordnung ausfechten und da gibt es immer stärkere und zurückhaltendere Charaktere.