Hallo,
ob dein Kaninchen Schmerzen hat, oder sich die Wunde entzündet hat, kann ich natürlich so nicht beurteilen

aber im Zweifelsfall würde ich mal einen Tierarzt drauf schauen lassen.
So wie du es allerdings beschreibst und auch sagst, dass er beim hochnehmen knurrt und sich flach auf den Boden drückt, sieht es für mich auch schon so aus, als hätte er Angst.
Fast alle Kaninchen mögen es überhaupt nicht, wenn sie hoch genommen werden, Kaninchen sind Fluchttiere und den Boden unter den Füßen zu verlieren, bedeutet Gefahr.
Auch das flach auf den Boden drücken ist ein Zeichen von Angst.
Wie schon geschrieben wurde, bräuchte er mehr Platz und am besten ein Gehege, in das er gelockt und nicht getragen werden kann...
Liebe Grüße